Ich habe bereits ein Ticket aufgemacht, aber außer einer Standardantwort, dass die Daten genau übereinstimmen müssen, noch keine Lösung.
Kurzes Update:
Es lag tatsächlich daran, dass im Fahrzeugschein im Gegensatz zum Personalausweis nicht der Geburtsname meiner Frau hinterlegt war. Nach Rücksprache mit der Zulassungsstelle konnte das Nachtragen des Geburtsnamens formlos per Email beantragt werden und eine Woche später bestätigte die Zulassungsstelle, dass der Geburtsname nun nachgetragen und ans Kraftfahrt Bundesamt übermittelt wurde. Anschließend ließ sich der digitale Fahrzeugschein über die i-kfz-App mit den Daten des Online-Personalausweises herunterladen.